熟練度
| MAP | 入手方法 | 獲得熟練度 |
| 1「バニシング・トルーパー」 | 選択肢「基本的な戦闘方法を確認しない」 | +1 |
| 2「黒いガンダム」 | 2ターン目までに勝利条件を満たす | +1 |
| 3「「ホワイトベース救出」 | 選択肢「出撃せず様子を見る」 | +1 |
| 4「死神と呼ばれたガンダム」 | カミーユがエマを説得する | +1 |
| 5「ジオンの亡霊」 | マ=クベを撃墜する | +1 |
| 7「鋼鉄のコクピット」 | 選択肢「基本的な戦闘方法を確認しない」 | +1 |
| 8「マジンガーZ絶体絶命」 | 敵全滅時にホバーパイルダーになっている | +1 |
| 9「ゲッターチーム出撃せよ」 | ゲッター1がバドと戦闘し、 ゲッター2がザイと戦闘し、 ゲッター3がズーと戦闘する |
+1 |
| 上記をしていない場合 | −1 | |
| 10「ジオン再臨」 | マ=クベか、黒い三連星の誰かを撃墜する | +1 |
| 12「アーガマ撃墜命令」 | 選択肢「敵だと思う」 | +1 |
| 14「出撃! その名はジャイアント・ロボ」 | 選択肢「甲児達と一緒に行く」 | +1 |
| 18「白いモビルスーツ」 | メッチェを撃墜する | +1 |
| 20「翼を持ったガンダム」 | ヴィレッタを撃墜する | +1 |
| 21「目覚めよ、勇者」 | 選択肢「こっそり出撃する」 | +1 |
| 22「ガンダム強奪」 | GP−02のHPを50%以下にする | +1 |
| 23「野望の男」 | GP−02を撃墜する | +1 |
| シーマを撃墜する | +1 | |
| 25「父との約束」 | 5ターン目までに敵を全滅させる | +1 |
| 26「使途、襲来」 | 選択肢「命令があり次第、出撃する」 | +1 |
| 28「GR対GR2」 | GR2を撃墜する前にゴーゴンを撃墜する | +1 |
| 29「ゼータの鼓動」 | 選択肢「ファを出撃させない」 | +1 |
| トロワを撃墜する | +1 | |
| 30「第二次直上会戦」 | 選択肢「ロンド=ベル隊に救援を要請しない」 | +1 |
| 31「赤い稲妻 空飛ぶマジンガー」 | 選択肢「グルンガスト弐式の整備を頼む」 | +1 |
| 33「決戦、第2新東京市」 | 3ターン目までに妖魔帝国を全滅させる | +1 |
| 35「エレの霊力」 | 4ターン目までに勝利条件を達成する | +2 |
| 5ターン目に勝利条件を達成する | +1 | |
| 7ターン目に勝利条件を達成する | −1 | |
| 8ターン目に勝利条件を達成する | −2 | |
| 36「ナの国の女王」 | 選択肢「グラン・ガランを逃がす」 | +1 |
| 選択肢「グラン・ガランを防衛する」 | −1 | |
| ショットを撃墜する | +1 | |
| 37「オーラロード」 | 2ターン目までにバーンを撃墜する | +1 |
| 5ターン目の味方フェイズを迎える | +1 | |
| 39「獣を超え、人を超え、いでよ神の戦士」 | 選択肢「甲府市に向かう」 | +1 |
| ヴィレッタを撃墜する | +1 | |
| シャピロを撃墜する | +1 | |
| 41「マジンガーZ対暗黒大将軍」 | ダンテを撃墜する | +1 |
| 暗黒大将軍を撃墜する | +1 | |
| 42「ボルテス起死回生」 | 選択肢「ボルト・クルーザーを優先する」 | +1 |
| 44「ホンコン・シティ」 | 選択肢「発信用カタパルトを捜す」 | +1 |
| 45「ガンダム、星の海へ」 | 選択肢「訓練に出る」 | +1 |
| シーマを撃墜する | +1 | |
| 46「始動! ダブルゼータ」 | 3ターン目までにジュドーが帰還する | +1 |
| 4ターン目になりジュドーが強制移動で帰還する | −3 | |
| 47「ソロモンの悪夢」 | ガトーを撃墜する | +1 |
| 48「クロスボーン・バンガード」 | シーブックとドレルが戦闘する | +1 |
| 49「紅いエヴァンゲリオン」 | 選択肢「先に弐号機輸送艦隊と合流する」 | +1 |
| 選択肢「先にリーンホースJrと合流する」 | −1 | |
| 3ターン目までにアスカがガギエルを撃墜する | +1 | |
| ランバ=ラルを撃墜する | +1 | |
| 50「海からのマレビト」 | 3ターン目までにアスカがガギエルを撃墜する | +1 |
| 51「マシン展開」 | 選択肢「南アタリア島に向かう」 | +1 |
| 選択肢「マーケサズ諸島に向かう」 | −2 | |
| ビショットを撃墜する | +1 | |
| 52「EOTの島」 | レイでイスラフェルを撃墜する | +1 |
| ブライトでイスラフェルを撃墜する | +2 | |
| 53「黒い超闘士」 | 恋人を撃墜する | −2 |
| イルムを撃墜する | −1 | |
| 54「心に念じる、見えない刃」 | 恋人を撃墜する | −2 |
| イルムを撃墜する | −1 | |
| 55「瞬間、心かさねて」 | 1ターン目に勝利条件を満たす | +2 |
| 2ターン目に勝利条件を満たす | +1 | |
| 56「精霊憑依」 | 3ターン目までに勝利条件を満たす | +2 |
| 4ターン目に勝利条件を満たす | +1 | |
| 57「ブービートラップ」 | 選択肢「マクロスを護衛する」 | +1 |
| 58「カウント・ダウン」 | スヴァール・サランを撃墜する | +1 |
| 五飛を撃墜する | −2 | |
| 59「トランス・フォーメーション」 | 選択肢「5分後にトランス・フォーメーション」 | +1 |
| ブリタイを撃墜する | +3 | |
| 60「隠された殺意」 | イングラムを撃墜する | +2 |
| 61「サタン・ファイト」 | 3ターン目までに初期配置の敵を全滅させる | +1 |
| 選択肢「マクロスに侵入した敵を追う」 | +1 | |
| 62「リン・ミンメイ」 | 4ターン目になる (前のMAPで「侵入した敵を追う」を選んだときのみ) |
−3 |
| 63「ジュピトリアン」 | 選択肢「カテジナを撃たない」 | +1 |
| 64「帝国の女王」 | カトルでトロワを説得する | +1 |
| デュオでヒイロを説得する | +1 | |
| リュウセイとレビが2回戦闘する | +1 | |
| 66「奇跡の価値は」 | 選択肢「マクロスを護衛する」 | +1 |
| 67「スペース・フォールド」 | スヴァール・サランを撃墜する | +1 |
| 五飛を撃墜する | −2 | |
| 68「アームド・アタック」 | 選択肢「5分後にトランス・フォーメーション」 | +1 |
| ブリタイを撃墜する | +3 | |
| 69「天敵との遭遇」 | 選択肢「応戦しない」 | +1 |
| 70「イングラムの真意」 | イングラムを撃墜する | +2 |
| 71「ミス・マクロス」 | 選択肢「呼び出しに応じる」 | +1 |
| 5ターン目までに敵を全滅させる (「呼び出しを無視する」を選んだときのみ) |
+1 | |
| 72「木星からの逃亡者」 | 選択肢「この宙域から撤退する」 | +1 |
| 4ターン目までに敵を全滅させる (「ヴァルシオーネRを助ける」を選んだときのみ) |
+1 | |
| リュウセイとレビが2回戦闘する | +1 | |
| 74「ファースト・コンタクト」 | カムジンを撃墜する | +2 |
| 75「ビッグ・エスケープ」 | マックスがミリアを撃墜する | +1 |
| 76「バイバイ・マルス」 | 選択肢「未沙を基地に行かせない」 | +1 |
| カムジンを撃墜する | +1 | |
| 77「アクシズからの使者」 | ジュピトリスを撃墜する | +1 |
| 選択肢「ジュピトリアンとの戦闘を続ける」 | −5 | |
| 78「プルとアクシズと」 | 敵を全滅させる | +1 |
| プルを撃墜する | −5 | |
| 79「リィナの血」 | クリスがバーニィを説得する | +1 |
| 17ターン目までに勝利条件を満たす | +2 | |
| 18ターン目に勝利条件を満たす | +1 | |
| 敵ユニットを全滅させる | −5 | |
| 80「漆黒の天使来たりて」 | 6ターン目までに勝利条件を満たす | +2 |
| 7ターン目に勝利条件を満たす | +1 | |
| 81「ジュピター・ゴースト」 | クロノクルを撃墜する | +1 |
| 82「宇宙に咲く妖花」 | 選択肢「シーブック達を先行させる」 | +1 |
| 83「ゼロと呼ばれたガンダム」 | 主人公がカトルを説得する | +1 |
| カトルを撃墜する | −2 | |
| 84「強襲、阻止臨界点」 | ガトーのHPを80%以下にする | +1 |
| 85「父よ! 地球は近い!」 | ジャンギャルを撃墜する | +1 |
| ハイネルを撃墜する | +1 | |
| 86「静止した闇の中で」 | 3ターン目までにマトリエルを撃墜する | +2 |
| 4ターン目にマトリエルを撃墜する | +1 | |
| ショウでトッドを説得する | +1 | |
| 87「赤い髪の女」 | 選択肢「ティターンズに基地を明け渡す」 | +1 |
| 92「誰がために鐘は踊る」 | 敵を全滅させる | +1 |
| 93「進路に光明、退路に絶望」 (55「瞬間、心かさねて」で弾丸を撃ち落した場合) |
1ターン目に敵を全滅させた | +2 |
| 2ターン目に敵を全滅させた | +1 | |
| ガルドを撃墜する | +1 | |
| 94「ヴァリアブル・フォーメーション」 | ドレイクを撃墜する | +1 |
| イングラムを撃墜する | +3 | |
| 95「ガラスの王国」 | 5ターン目終了までにミリアルドが生き残る | +1 |
| 96「王国崩壊」 | 選択肢「基地を放棄し、脱出する」 | +1 |
| 4ターン目までに勝利条件を満たす (「脱出する」を選んだときのみ) |
+2 | |
| 5ターン目に勝利条件を満たす (「脱出する」を選んだときのみ) |
+1 | |
| 8ターン目に勝利条件を満たす (「脱出する」を選んだときのみ) |
−1 | |
| 9ターン目に勝利条件を満たす (「脱出する」を選んだときのみ) |
−2 | |
| 97「クロス・ファイト」 | ビショットを撃墜する | +1 |
| ミデアが生存している×2 | +1×2 | |
| 98「異邦人達の帰還」 | 選択肢「ドレイクの申し出に応じる」 | +3 |
| 勝利条件を満たす (「申し出に応じない」を選んだときのみ) |
+1 | |
| 敵を全滅させる (「申し出に応じない」を選んだときのみ) |
−10 | |
| 100「ダカールの日」 | 選択肢「シャアとして応える」 | +1 |
| 102「ソロモン攻略戦」 | 選択肢「マクロス強行作戦を採用する」 | +1 |
| 3ターン目までにリック・ドムUを12機撃墜する | +1 | |
| マクロスが12ターン以内にソロモンに突入する (「強行作戦」を選んだときのみ) |
+1 | |
| 103「女たちの戦場」 | 選択肢「ジュピトリアンを追撃する」 | +1 |
| レビのHPを50%以下にする | +1 | |
| 105「あしゅら男爵、散る」 | 4ターン目までにあしゅら男爵を撃墜する | +2 |
| 106「魔神皇帝」 | 選択肢「何とか時間を稼ぐしかない」 | +1 |
| 6ターン目までに敵を全滅させる (「攻撃あるのみだ」を選んだときのみ) |
+1 | |
| 107「地球を賭けた一騎打ち」 | 健一以外でハイネルと戦闘する | −10 |
| 選択肢「ハイネル達を見逃す」 | +3 | |
| 選択肢「ハイネル達と戦う」 | −10 | |
| 110「ジオンの幻像」 | 4ターン目までにソーラ・レイに到達する | +1 |
| 選択肢「停戦協定を受け入れる」 | +5 | |
| 111「天使の輪の上で」 | 選択肢「作戦を引き受ける」 | +2 |
| 選択肢「作戦を引き受けない」 | +1 | |
| シロッコを撃墜する | +2 | |
| ウッソか、ヒイロで目標地点に到達する | +1 | |
| 112「神の国の誘惑」 | リュウセイとヴィレッタが戦闘する | +1 |
| 主人公とヴィレッタが戦闘する | +1 | |
| マサキとヴィレッタが戦闘する | +1 | |
| 忍とシャピロが戦闘する | +1 | |
| 113「クロス・ターゲット」 | 選択肢「忍達を止める」 | +1 |
| ユーゼスを撃墜する | +1 | |
| 114「戦士、再び・・・」 | ジュドーとハマーンが戦闘する | +1 |
| 116「せめて、人間らしく」 | ユーゼスを撃墜する (「機械をうかがう」を選んだときのみ) |
+2 |
| 117「最後のシ者」 | 主人公か、恋人でカヲルを撃墜する | +1 |
| 118「運命の矢」 | 選択肢「ロンド=ベルを先行させる」 | +1 |
| 9ターン目までに敵を全滅させる (「ロンド=ベル」を選んだときのみ) |
+3 | |
| 10ターン目までに敵を全滅させる (「ロンド=ベル」を選んだときのみ) |
+2 | |
| 11ターン目までに敵を全滅させる (「ロンド=ベル」を選んだときのみ) |
+1 | |
| 119「愛・おぼえていますか」 | ラプラミズを撃墜する | +1 |
| 敵を全滅させる | +1 | |
| 122「ギア・オブ・ディスティニー」 | ミーアを撃墜したときにガルーダがMAP上にいる | +1 |
| 健一でハイネルを説得する | +1 |
恋愛ポイント
*細かいことは不明だが、ある程度以上のポイントにいくとエンディングの内容が変化する
| MAP | 入手方法 | 獲得ポイント |
| 1「バニシング・トルーパー」 | 選択肢「それはいい考えだと思う」 | +1 |
| 7「鋼鉄のコクピット」 | 選択肢「恋人を探す」 | +1 |
| 19「戦いは誰のために」 | 選択肢「ウッソをしかる」 | +1 |
| 23「野望の男」 | 選択肢「何者かが偶然を装って〜」 | +1 |
| 26「使途、襲来」 | 選択肢「百物語に参加しない」の後に、 「何者かが偶然を装って〜」を選ぶ (20「翼を持ったガンダム」からのルートのみ) |
+1 |
| 53「黒い超闘士」 | 主人公と恋人が戦闘する | +1 |
| 恋人のHPが80%以下のときに恋人を説得する | +1 | |
| 恋人を撃墜する | −2 | |
| 54「心に念じる、見えない刃」 | 主人公と恋人が戦闘する | +1 |
| 恋人のHPが80%以下のときに恋人を説得する | +1 | |
| 恋人を撃墜する | −2 | |
| 60「隠された殺意」 | 選択肢「リュウセイを励ます」 | +2 |
| 選択肢「リュウセイをそっとしておく」 | +1 | |
| 70「イングラムの真意」 | 選択肢「リュウセイを励ます」 | +2 |
| 選択肢「リュウセイをそっとしておく」 | +1 | |
| 79「リィナの血」 | 選択肢「ジュドーに会う」 | +1 |
| 89「第三の力」 | 選択肢「何も聞かない」 | +3 |
| 90「龍と虎」 | 選択肢「何も聞かない」 | +3 |
| 99「女王リリーナ」 | 選択肢「放っておくわけにはいかないから」 | +2 |
| 選択肢「大切な仲間だから」 | +1 | |
| 103「女たちの戦場」 | 選択肢「放っておくわけにはいかないから」 | +2 |
| 選択肢「大切な仲間だから」 | +1 | |
| 108「思い出を未来へ」 | 選択肢「放っておくわけにはいかないから」 | +2 |
| 選択肢「大切な仲間だから」 | +1 | |
| 111「天使の輪の上で」 | 選択肢「作戦を引き受ける」 | +1 |
| 113「クロス・ターゲット」 | 選択肢「忍達を止める」 | −1 |
| 選択肢「忍達を止めない」 | +1 |
ライバルポイント
*6ポイント以上になると122「ギア・オブ・ディスティニー」でイルムが仲間になる
| MAP | 入手方法 | 獲得ポイント |
| 53「黒い超闘士」 | 主人公とイルムが戦闘する | +1 |
| 54「心に念じる、見えない刃」 | 主人公とイルムが戦闘する | +1 |
| 89「第三の力」 | 敵全滅後にイルムがMAP上にいる | +4 |
| 90「龍と虎」 | 敵全滅後にイルムがMAP上にいる | +4 |
| 106「魔神皇帝」 | ライバルポイントが4以上のとき (「攻撃あるのみ」を選んだときのみ) |
+1 |
| 111「天使の輪の上で」 | 選択肢「作戦を引き受けない」 | +2 |
ミンメイポイント
*未沙とミンメイのポイントが高いほうが輝と恋人になる
| MAP | 入手方法 | 獲得ポイント |
| 61「サタン・ファイト」 | 選択肢「マクロスに侵入した敵を追う」 | +1 |
| 71「ミス・マクロス」 | 選択肢「呼び出しを無視する」 | +1 |
| 74「ファースト・コンタクト」 | 選択肢「帰らない」 | +1 |
| 75「ビッグ・エスケープ」 | 選択肢「輝がキスする」 | +1 |
未沙ポイント
*未沙とミンメイのポイントが高いほうが輝と恋人になる
| MAP | 入手方法 | 獲得ポイント |
| 61「サタン・ファイト」 | 選択肢「増援の敵部隊を迎撃する」 | +1 |
| 64「帝国の女王」 | 目標地点に輝で到達する | +1 |
| 71「ミス・マクロス」 | 選択肢「呼び出しに応じる」 | +1 |
| 74「ファースト・コンタクト」 | 選択肢「帰る」 | +1 |
| 75「ビッグ・エスケープ」 | 選択肢「カイフンがキスする」 | +1 |
シンジフラグ
*全てのフラグを満たすと、121「Air」のシナリオが変化する
| MAP | 入手方法 |
| 27「咆哮、EVA初号機」 | 選択肢「エヴァ初号機に乗る」 |
| 52「EOTの島」 | シンジでイスラフェルを倒す |
| 88「神か、悪魔か・・・」 | 選択肢「使途バルディエルと戦う」 |
| 116「せめて、人間らしく」 | 選択肢「今すぐ出撃する」 |
アスカフラグ
*アスカのイベントに必要
| MAP | 入手方法 |
| 55「瞬間、心かさねて」 | MAPをクリアする |
| 62「リン・ミンメイ」 | |
| 105「あしゅら男爵、散る」 | アスカを出撃させる |
| 116「せめて、人間らしく」 | 選択肢「出撃する機会をうかがう」 |
サラフラグ
*これを満たすと111「天使の輪の上で」でサラをカツで説得できるようになる
| MAP | 入手方法 |
| 77「アクシズからの使者」 | カツとサラが戦闘する |
キャラフラグ
*ジュドーとキャラの戦闘会話イベントを起こすためのもの
| MAP | 入手方法 |
| 46「始動! ダブルゼータ」 | ジュドーとキャラが戦闘する |
| 47「ソロモンの悪夢」 | |
| 78「プルとアクシズと」 |
グレミーフラグ
*ルーとグレミーの戦闘会話イベントを起こすためのもの
| MAP | 入手方法 |
| 47「ソロモンの悪夢」 | ルーとグレミーが戦闘する |
| 78「プルとアクシズと」 |
カテジナフラグ
*ウッソとカテジナの戦闘会話イベントを起こすためのもの
| MAP | 入手方法 |
| 63「ジュピトリアン」 | 選択肢「カテジナを撃つ」 |
| 72「木星からの逃亡者」 | ウッソとカテジナが戦闘する |
| 103「女たちの戦場」 | |
| 115「勝者と敗者に祝福を」 | クロノクルを撃墜したときにカテジナがMAP上にいる |
クロノクルフラグ
*デモ後半が変化する
| MAP | 入手方法 |
| 45「ガンダム、星の海へ」 | ウッソとクロノクルが戦闘する |
剛健太郎フラグ
*122「ギア・オブ・ディスティニー」のデモが変化する
| MAP | 入手方法 |
| 109「父の胸の中で泣け!」 | MAPをクリアする |