追加武装
追加武装とは、特定の武器を１０段階まで改造し、さらに５００００～９００００の資金を投入すると追加される武器です。
| ユニット名 | 武器名 | 追加武器名 | 攻撃力 | 射程 | 気力 | ＥＮ | 備考 |
| マジンガーＺ（ＰＵ） | ロケットパンチ | 大車輪ロケットパンチ | ３２００ | １～６ | １０５ | １０ | クリティカル＋２０ |
| ブレストファイヤー | ＭＡＰ兵器 | ２９００ | １～４ | １１０ | ８０ | 変形放射型 | |
| グレートマジンガー | ブレストバーン | ＭＡＰ兵器 | ２４００ | １～４ | １１０ | ８０ | 変形放射型 |
| マジンカイザー | ファイヤーブラスター | ＭＡＰ兵器 | ３２００ | １～４ | １１０ | １００ | 変形放射型 |
| テキサスマック | マックリボルバー | ＭＡＰ兵器 | １３５０ | １ | １００ | 弾数３ | 自分周囲型 |
| ダンクーガ | 断空剣 | 断空光牙剣 | ４０００ | １ | １３０ | ５５ | Ｐ武器 |
| ゴーショーグン | ゴーフラッシャー | ＭＡＰ兵器 | ２８００ | １～５ | １４０ | １４０ | 放射型 ５マス目は威力激減 |
| ガンダムｍｋⅡ | 拡散バズーカ | ＭＡＰ兵器 | ２４００ | ３～５ | １００ | 弾数２ | 変形放射型 スーパーガンダム使用不可 |
| キュベレイｍｋⅡ | ファンネル | ＭＡＰ兵器 | １９００ | １～４ | １１０ | 弾数２ | ニュータイプＬｖ４ 着弾指定型・範囲２ 敵味方識別 |
| νガンダム | フィンファンネル | ＭＡＰ兵器 | ２０００ | １～４ | １１０ | 弾数２ | ニュータイプＬｖ４ 着弾指定型・範囲３ 敵味方識別 |
| 量産型νガンダム | フィンファンネル | ＭＡＰ兵器 | ２０００ | １～４ | １１０ | 弾数２ | ニュータイプＬｖ４ 着弾指定型・範囲２ 敵味方識別 |
| ヤクト・ドーガ | ファンネル | ＭＡＰ兵器 | １９００ | １～４ | １１０ | 弾数２ | ニュータイプＬｖ４ 着弾指定型・範囲２ 敵味方識別 |
| サザビー | ファンネル | ＭＡＰ兵器 | １９００ | １～４ | １１０ | 弾数２ | ニュータイプＬｖ４ 着弾指定型・範囲２ 敵味方識別 |
| ウイングゼロ | ツインバスターライフル | ＭＡＰ兵器 | ２５００ | １～４ | １１０ | ５０ 弾数２ |
自分周囲型 |
| ウイングゼロカスタム | ツインバスターライフル | ＭＡＰ兵器 | ２５００ | １～４ | １１０ | ５０ 弾数２ |
自分周囲型 |
| ヘビーアームズ改 | アーミーナイフ以外の全武器 | 全段発射（ＭＡＰ） | ４７００ | １～３ | １１０ | 弾数１ | 方向指定型 他の武器を使うと攻撃力減 |
| ユニット名 | 武器名 | 追加武器名 | 攻撃力 | 射程 | 気力 | ＥＮ | 備考 |
攻撃力ランキング
＊ＭＡＸ改造時の攻撃力
魂の機体
| 機体 | 武器 | 攻撃力 | 魂習得Ｌｖ | 備考 |
| イデオン | イデオンガン | ９９９９ | ギジェ・４３ | 気力１３０ ＭＡＰ兵器 |
| イデオンソード | ９９９９ | ギジェ・４３ | 気力１２０ ＭＡＰ兵器 |
|
| ヘビーアームズ改 | 全段発射 | ６６００ | トロワ・４０ | ＭＡＰ兵器 |
| ガンバスター | ダブルバスターコレダー | ６１００ | ノリコ・５８ | 気力１２０ |
| グルンガスト | 計都羅喉剣 | ６１００ | 主人公・４０ | 気力１３０ |
| ガンバスター | スーパーイナズマキック | ５９００ | ノリコ・５８ | 気力１３０ |
| ＧＰ－０２Ａ | アトミックバズーカ | ５４００ | ガトー・４５ | 気力１２０ ＭＡＰ兵器 |
| ガンバスター | バスターコレダー | ５３００ | ノリコ・５８ | 気力１１０ |
| ヒュッケバイン | ブラックホールキャノン | ５２００ | 主人公・４０ | 気力１１０ |
| ゼロカスタム | ツインバスターライフル | ４９００ | ヒイロ・３５ | ＭＡＰ兵器も同じ |
| ガンバスター | バスタービーム | ４５００ | ノリコ・５８ | － |
| ウイングゼロ | ツインバスターライフル | ４５００ | ヒイロ・３５ | － |
熱血の機体
| 機体 | 武器 | 攻撃力 | 熱血習得Ｌｖ | 備考 |
| 真ゲッター３ | 大雪山おろし二段返し | ６１００ | 弁慶・－ | 気力１３０ |
| 真ゲッター１ | ストナーサンシャイン | ６０００ | 竜馬・７ | 気力１３０ |
| マスターガンダム | 流派東方不敗石破天驚拳 | ６０００ | マスター・１ | 気力１２０ |
| ダンクーガ | 断空光牙剣 | ５９００ | 忍・１ | 気力１３０ |
| ゴッドガンダム | 石破天驚拳 | ５９００ | ドモン・１ | 気力１５０ 通常改造不可 |
| マジンカイザー | ファイヤーブラスター | ５７００ | 甲児・６ | － |
| コン・バトラーＶ | 超電磁スピン | ５６００ | 豹馬・１２ | 気力１３０ |
| ダイターン３ | サンアタック | ５５００ | 万丈・１ | 気力１２０ |
| シズラーブラック | ジャコビニ流星アタック | ５５００ | ユング・－ | 気力１３０ |
| ゴッドガンダム | 爆熱ゴッドフィンガー | ５２００ | ドモン・１ | 気力１３０ 通常改造不可 |
| サイバスター | コスモノヴァ | ５２００ | マサキ・７ | 気力１４０ |
| グランゾン | ブラックホールクラスター | ５２００ | シュウ・１ | 気力１１０ |
ハイパーモード武器改造表
| ドモンのレベル | 改造段階 | 加算攻撃力 |
| １～４０ | ０ | ０ |
| ４１～４４ | ＋１００ | １００ |
| ４５～４８ | ＋１００ | ２００ |
| ４９～５２ | ＋１５０ | ３５０ |
| ５３～５６ | ＋１５０ | ５００ |
| ５７～６０ | ＋２００ | ７００ |
| ６１～６４ | ＋２００ | ９００ |
| ６５～６８ | ＋２００ | １１００ |
| ６９～７２ | ＋２００ | １３００ |
| ７３～７６ | ＋３００ | １６００ |
| ７７～９９ | ＋３００ | １９００ |
隠しルート
ＭＡＰ８９・決戦、第２新東京市をクリアしたときに以下の条件を満たしていると隠しルートに進む。
| １． | ５６・「アクシズの攻防」でカトルを仲間にしない |
| ２． | ８１・「異質なるモノへの挽歌」でシンジを選択出撃させる |
| ３． | エヴァ初号機を５回以上撃墜させる |
| ４・ | ８９・「決戦、第２新東京市」までにシンジのシンクロ率より、レイのシンクロ率を高くする |
隠しルートのＭＡＰ名は「僕がボクとして生まれた理由」と「未完のシ者」
この二つのＭＡＰが終わると人類補完エンディングになる
ちなみに「未完のシ者」しか渚 カオルとエヴァ参号機は出ないので、
キャラクター辞典、ユニット辞典の１００％を目指す人は注意
１０段階改造ボーナス
ユニットの能力をフル改造すると以下のボーナスのうちどれか一つを得ることができる
| 空、陸、海、宇のいずれかの地形適応をＡにする |
| 移動力＋１ |
| ＨＰ＋２０００ |
| ＥＮ＋１５０ |
| 運動性＋２０ |
| 装甲＋５００ |
イデオンゲージ
| 段階 | 数値 | 備考 |
| １段階目 | ４０未満 | 光らない状態 |
| ２段階目 | ４０～４９ | 小さい星の状態 |
| ３段階目 | ５０～５９ | 大きい星の状態 初期状態は５０ |
| ４段階目 | ６０～８９ | 線が一本の状態 |
| ５段階目 | ９０～１０９ | 線が三本の状態 イデオンソード使用可能 |
| ６段階目 | １１０～１４９ | 線三本に斜め線が加わった状態 ＥＮが無限になり、イデオンガン使用可能 １２０±１０で暴走する |
| ７段階目 | １５０以上 | ゲージ全体が光る １６０以上になるとイデエンディングになる |
行動による増減
| ＋３ | イデオンが攻撃を受ける（回避しても） |
| －５ | イデオンで敵を倒す |
| －１０ | ソロシップに着艦する |
ターン最初に受ける増減
| ゲージ１００以上 | ゲージ１００未満 | ゲージ５０未満 | |
| ＨＰ１～２５％ | ＋１０ | ＋１０ | ＋１０ |
| ＨＰ２６～５０％ | ＋５ | ＋１０ | ＋１０ |
| ＨＰ５１～７５％ | －２ | 変動無し | ＋３ |
| ＨＰ７６～１００％ | －３ | 変動無し | 変動無し |